به گزارش معاونت علمی وفناوری ریاست جمهوری، خدمات ارائه شده به شرکت‌های دانش بنیان حوزه‌های مختلفی را در بر می‌گیرد. ارائه انواع خدمات و معافیت‌ها در حوزه مالیات و حقوق و عوارض گمرکی یکی از بسته‌های حمایتی پیش بینی شده برای حمایت از این شرکت‌ها است.
انواع معافیت‌های شرکت‌های دانش‌بنیان در موضوع مالیات، حقوق و عوارض گمرکی و سود بازرگانی در حوزه‌های مختلفی تقسیم شده است. نوع خاصی از شرکت‌های دانش‌بنیان هر سال با تایید معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری به سازمان امور مالیاتی معرفی می‌شوند تا از معافیت‌های تعیین شده در قانون برخوردار شوند.
همچنین شرکت‌های دانش بنیان مستقر در پارک‌های علم و فناوری نیز از برخی معافیت‌های مالیاتی برخوردار هستند، کارکنان فعال در شرکت‌های دانش‌بنیان نیز با پیگیری معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری از معافیت مالیاتی بهره‌مند می‌شوند.
سود بازرگانی در واقع مالیات غیر مستقیم یا وجهی است که بر اساس قانون تجارت خارجی طی تصویب نامه وزیران صادر می گردد و جدا از حقوق گمرکی است. دولت می‌تواند سود بازرگانی هر یک از کالاها را با توجه به سیاست های خود هر زمان که لازم بداند اضافه نموده یا کم کند. دولت با توجه به شرایط اقتصادی، میزان تولید و عرضه و تقاضای کشور به صورت سالیانه می تواند مبلغ سود بازرگانی را تغییر دهد.
سود بازرگانی توسط گمرک به صورت ریالی اخذ می شود، سود بازرگانی فقط از واردات قطعی و کالاهایی که برای مصرف در کشور اظهار و از گمرک ترخیص می‌شوند، دریافت می شود.